保護區氣候隨著海拔的升高而變化，形成河谷干熱和山地嚴寒的特點，自然景觀垂直帶譜十分明顯；在海拔2300米以下的金沙江干熱河谷，為疏林灌叢草坡帶，生境干旱，植被稀疏；海拔3000－3200米的云霧山帶上，分布著針闊葉混交林，樹種組成豐富；海拔3200－4000米，地勢高峻而冷涼，分布著亞高山時暗針葉林帶，主要由長苞冷杉、蒼山冷杉等多種冷杉組成，林相整齊，為滇金絲猴常年棲息之地，是保護區森林資源的主要部分和精華所在；海拔4000米以上，為高山灌叢草甸帶、流石灘稀疏植被帶；海拔5000米以上為極高山冰雪逞，每一個帶都各有特色。[旅游聯盟2011-8-31提供：旅游資源大全，免費旅游交易平臺，旅游社區，旅游軟件，www.sportsemperor.com]